Pezinok sa príchodu židov dlho bránil, ale Pálffyovci na svojich majetkoch na predmestí umožnili usadzovanie židov od konca 17. storočia. V lokalite Čimošňa im prenajali ubytovacie priestory, dom pre synagógu a aj miesto pre cintorín. Synagóga aj cintorín sa spomínajú v roku 1746. Kým v roku 1781 v Pezinku žilo 88 židov, začiatkom 19. storočia to boli už dve stovky. Vďaka možnosti usadzovať sa priamo v meste vzrástol ich počet v polovici 19. storočia na 500, pričom sa vyrovnal počet židov na predmestí a v samotnom meste. Starý cintorín založený na ploche približne 70 x 40 metrov asi prestal kapacitne postačovať, navyše sa k tomu mohli pridružiť aj zvýšené finančné požiadavky Pálffyovcov za prenájom všetkých priestorov. Takže v čase, keď sa židia rozhodli pre stavbu novej synagógy, požiadali mesto aj o poskytnutie pozemku na nový cintorín, na ktorom sa začalo pochovávať začiatkom 60-tych rokov 19. storočia. Od tejto doby môžeme predpokladať postupný útlm pochovávania na starom cintoríne. Posledný známy datovaný náhrobník na starom cintoríne bol asi z roku 1899.
Napriek pálffyovskému vlastníctvu sa o cintorín starala a nakladala s ním židovská obec a v roku 1939 jeho plochu prenajala na výsadbu ovocných stromov. V dobe Slovenského štátu o pozemok cintorína prejavilo záujem miestne zastúpenie Hlinkovej gardy, ktoré ho získala darom od budapeštianskych Pálffyovcov. Gardisti si následne vybavili aj zrušenie cintorínskeho účelu pozemku. Židia boli vyzvaní k odvezeniu zvyškov náhrobkov, k čomu asi neprišlo. V nasledujúcom období sa priestor cintorína stal cvičiskom pre bojové psy a náhrobníky sa rozbíjali a použili do základov novej cesty.
V povojnovej dobe sa cintorín stal obeťou rozširujúcej sa domovej zástavby a v čase Barkányho výskumu bol prístupný už len cez dvor rodinného domu. Zvyšky náhrobníkov boli v kúte vysokej trojmetrovej ohrady cintorína, uprostred ktorého stál majestátny niekoľkostoročný dub. Nevieme presne v ktorom čase prišlo k zbúraniu ohrady. Ako pietnu pamiatku zhotovili zo zachovaných náhrobníkov pomník v tvare pyramídy, ale nepoznáme jeho ďalší osud.
Eugen Barkány, Ľudovít Dojč: Židovské náboženské obce na Slovensku, Bratislava 1991, str. 71, 72;
Encyklopédia židovských náboženských obcí - 2. zväzok, Bratislava 2010, str. 132-137;
Helena Markusková. Petra Pospechová: Nedopovedané príbehy, Pezinok 2018, str. 13-59
