Židia sa v Sobotišti trvale osídlili od konca 17. storočia. Necelé dve desiatky židovských rodín získali v roku 1738 ochranný list od zemepána Nyáryho, ktorý im poskytol pozemok na stavbu domov a pre založenie cintorína. Na cintoríne sú najstaršie náhrobky z konca 30-tych rokov 18. storočia, podľa nápisu z náhrobku bol v roku 1740 pochovaný rabín Matisjahu. Židovská komunita v nasledujúcom období výrazne vzrástla najmä prisťahovaním z Moravy. Keď sa priestor cintorína po sto rokoch zaplnil k hraniciam jeho možností, zriadili si ďalší. Oba cintoríny prežili v porovnaní oproti ostatnými záhorským cintorínom v dobrom stave až do dnešnej doby. Z pôvodnej kamennej ohrady starého cintorína však zostali len zvyšky. Po roku 2000 namiesto nej postavili ochrannú betónovú ohradu. Od 40-tych rokov minulého storočia sa o cintorín dlhodobo stará rodina Kaňová.
Eugen Barkány, Ľudovít Dojč: Židovské náboženské obce na Slovensku, Bratislava 1991, str. 108-111;
Encyklopédia židovských náboženských obcí - 3. zväzok, Bratislava 2012, str. 69-71