Kaplnku v Medených Hámroch pri Borinke dal postaviť sám zakladateľ hámrov Johann Mayer. Posvätil ju 28. mája 1743 prepošt Ján Jozef Bajtl. Kaplnku spravoval stupavský farár, slúžil v nej omše každý týždeň a vykonával obrady pre zamestnancov a obyvateľov hámrov. V kaplnke bol veľký oltárny obraz Najsvätejšej Trojice, sv. Michala a sv. Jána Nepomuckého.
V začiatku poslednej dekády 20. storočia bola kaplnka vo veľmi zlom stave. Inventár bol rozkradnutý. V interiéri zostalo zdevastované torzo dreveného oltára, ktorí vlamači v roku 1990 vysťahovali a polámali. Obyvateľ Stupavy Milan Kubíček jeho zvyšky uschoval a začal sa zaoberať záchranou kaplnky. Nápomocní sa mu stali Jozef Zárecký z mestského úradu Stupavy a Hildegarda Weiszová, posledná spolumajteľka Medených Hámrov. Obnova kaplnky v rokoch 1990-2003 sa vykonala vďaka práci dobrovoľníkov a príspevkom darcov, najväčší z nich bol v hodnote 5000 dolárov z grantu automobilky Ford v roku 1996. Organizátor obnovy kaplnky Milan Kubíček zozbieral 450 000 korún, ktoré sa použili na stavebný materiál a nevyhnutné práce. Opravený krov kaplnky sa pokryl šindľovou strechou. Oltárny stôl venovala firme Mramor. Nový oltár bezplatne zhotovil sochár Anton Cepka. Kaplnku po obnove požehnal stupavský dekan Felix Mikula 17. júla 2003. Milan Kubíček sa staral o kaplnku aj po tomto období. Po roku 2015 sa do vežičky kaplnky osadil zvon zakúpený zo zbierky. V roku 2019 prešla kaplnka do správy farnosti v Borinke.
Pozlátený krucifix (asi zo začiatku 19. storočia) je známy ako jediná zachovaná pamiatka z mobiliáru kaplnky, Uchoval sa v rodine Weiszovej, posledných majiteľov Medných Hámrov, ktorá v roku 1930 predala Hámre štátu. Po spomenutom roku ho z kaplnky odniesla komorná rodiny a prostredníctvom jej dcéry sa krucifix dostal v roku 1945 do rúk bývalých majiteľov hámrov i kaplnky.
Peter Juza: Zabudnutá krása, in: Záhorie 2/1993, str. 19;
Milan Kubíček: Pamiatka z kaplnky v Medených Hámroch, in: Záhorie 1/2002, str. 14-16;
-ps-: Obnovenie vysviacky kaplnky na Medených Hámroch, in: Podpajštúnske zvesti 7/2003, str. 9;
Milan Greguš: Kaplnka opäť potrebuje pomoc, in: Stupavské noviny máj/2015, str. 14
