Baroková kaplnka sv. Jána Nepomuckého stojí na mieste, ktoré bolo po celé 19. storočie na konci obce pri ceste do Bratislavy. Kaplnka na jej mieste bola zakreslená počas 1. a 2. vojenského mapovania, existovala teda v 2. polovici 18. storočia. Vizitácia z roku 1781 spomína len dve kaplnky, z nich na konci obce mala stáť kaplnka s obrazom Blahoslavenej Matky nebeskej. Zvykla sa pri nej konať pobožnosť svätenia ozimín vo sviatok sv. Marka, podobne ako pri druhej kaplnke, ktorá stála mimo intravilánu obce. Keďže vo Vajnoroch nie je Panne Márii dnes zasvätená žiadna kaplnka, predpokladáme, že v minulosti prišlo k zámene jej patrocínia v prospech sv. Jána Nepomuckého.
Po obnove na náklady Emílie Pavlasovej kaplnku 14. novembra 1999 vysvätil dekan Ján Formánek. V kaplnke je na mieste oltára obraz sv. Jána Nepomuckého. Po bokoch kaplnky sú vysoké hlboké niky, dnes sú prázdne a nevedno, či v nich boli niekedy osadené sochy.
Michal Slivka: Sakrálne stavby, in: Naše Vajnory, Vajnory 2008, str. 113
